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dharmacon CRISPR Guide RNA

更新時間:2019-02-11      點擊次數:4263

 

dharmacon CRISPR Guide RNA

CRISPR指南RNA

用于靶向基因敲除的慢病毒和合成試劑

指導RNAs程序Cas9核酸酶切割特定的基因組位置。設計有效的功能性指導RNA對于實現有效的基因敲除至關重要。

了解指導RNA產品的更多信息

  • 合成的crRNA

    預先設計或定制合成,用于跨越許多基因的快速敲除研究

  • 慢病毒sgRNA

    預先設計或定制的sgRNA作為甘油儲備和高滴度純化的慢病毒顆粒,用于小規模和大規模研究

  • 合成sgRNA

    用于CRISPR-Cas9基因編輯的定制單指導RNA寡核苷酸

 

  • 所有Edit-R預先設計的指導RNA(合成的crRNA和慢病毒sgRNA)都設計有經過驗證的算法,以提高功能性敲除的可能性,而不僅僅是雙鏈斷裂(DSB)。通過評估數千種設計的功能表型,然后在其他測定系統中驗證我們的設計規則,我們建立了確定更有可能提供特異性切割和功能性敲除的靶位點的規則。

    可以使用CRISPR設計工具為任何序列定制設計Edit-R合成sgRNA和crRNA 。

    CRISPR-Cas9系統中的指導RNA

    除了表達Cas9核酸酶之外,CRISPR-Cas9系統還需要特定的RNA部分來募集和指導核酸酶活性。這些指導RNA采用以下兩種形式之一:

    • 長化學合成的反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)加上化學合成的CRISPR RNA(crRNA),用于切割感興趣的基因靶位點(圖1a
    • -要么-
    • 合成或表達的單一指導RNA(sgRNA),由crRNA和tracrRNA組成,作為單一構建體(圖1b
    由crRNA編程的Cas9核酸酶的插圖:tracr復合物切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

    圖1a。由crRNA編程的Cas9核酸酶的插圖:tracr復合物切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

    由sgRNA復合物編程的Cas9核酸酶的插圖切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

    圖1b。由sgRNA復合物編程的Cas9核酸酶的插圖切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

 

 

RISPR指南RNA產品

合成指導RNA

  • Edit-R預先設計的crRNA

    保證編輯你的目標!算法優化的crRNA,用于人類,小鼠或大鼠基因的全基因組覆蓋。核酸酶抗性的修飾改善了無DNA編輯。只需搜索您的基因!

  • Edit-R tracrRNA

    Edit-R反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)是合成的,HPLC純化的長RNA,需要與Edit-R crRNA一起使用以形成編程Cas9核酸酶的復合物。它經過核酸酶抗性修飾,可與修飾或未修飾的Edit-R crRNA一起使用。

  • Edit-R合成sgRNA

    定制合成100-mer單指導RNA,輸入您自己的設計或使用我們靈活的設計工具

  • Edit-R合成陽性crRNA控制和檢測引物

    針對特征良好的基因的物種特異性crRNA,以及錯配檢測分析引物,以確定基因編輯條件對大效率的有效性。

  • Edit-R合成crRNA非靶向對照

    非靶向對照以在缺乏基因靶特異性crRNA的情況下評估對CRISPR-Cas9組分的細胞應答。

  • Edit-R crRNA文庫

    用于陣列敲除篩選的流行基因家族的預定義集合

  • 櫻桃挑選圖書館

    有一個喜歡的基因列表?定制并訂購預先設計的crRNA板,用于您感興趣的目標中的敲除研究

 

一體化慢病毒sgRNA產品

  • Edit-R一體化慢病毒sgRNA

    全基因組結合Cas9和sgRNA,實現有效的基因敲除和的特異性; 可用作甘油原料和高滴度純化顆粒。

  • Edit-R一體化慢病毒sgRNA陽性對照和試劑盒

    控制一體化慢病毒sgRNA以驗證DNA雙鏈斷裂和基因編輯效率。

  • Edit-R一體化慢病毒sgRNA非靶向對照

    生物信息學設計和驗證的一體化慢病毒sgRNA構建體不靶向人,小鼠或大鼠基因組中的任何基因。

 

慢病毒指南RNA

  • Edit-R預先設計了慢病毒sgRNA

    保證編輯你的目標!算法優化的sgRNA,用于人類,小鼠或大鼠基因的全基因組覆蓋。提供高滴度的慢病毒顆粒和甘油儲備。

  • Edit-R慢病毒sgRNA陽性對照

    針對特征良好的基因的物種特異性sgRNA,以確定基因編輯條件對大效率的有效性。

  • Edit-R慢病毒sgRNA非靶向對照

    非靶向對照以在缺乏基因靶特異性sgRNA的情況下評估對CRISPR-Cas9組分的細胞應答

  • Edit-R匯集慢病毒sgRNA文庫

    用于人和小鼠中預定基因集的高滴度合并篩選文庫。

  • Edit-R陣列慢病毒sgRNA文庫

    用于高通量敲除篩選的整個人類基因家族的慢病毒sgRNA文庫的陣列集合。

 

定制指南RNA設計和訂購工具

  • CRISPR設計工具

    放置自定義指南RNA訂單,或使用我們易于使用的界面設計和訂購您自己的合成sgRNA,crRNA或慢病毒sgRNA。

 

HDR捐贈者模板設計和訂購工具

  • Edit-R HDR捐贈設計師 - 寡頭

    設計并訂購單鏈DNA供體(≤150nt)用于插入,缺失或其他改變。

  • Edit-R HDR Donor Designer - 質粒

    設計并訂購用于插入mKate2或EGFP熒光標記物或定制插入物的質粒DNA供體試劑盒

 

HDR捐贈者模板成套工具

  • Edit-R HDR質粒供體試劑盒

    快速且容易地組裝用于HDR的質粒供體

  • Edit-R HDR質粒供體組件

    快速有效地構建HDR供體質粒

  • Edit-R HDR質粒供體引物

    Edit-R質粒供體試劑盒的PCR組件

 

指南RNA選擇指南

為實驗確定合適的指導RNA類型取決于您的特定實驗或細胞類型。查看此表中的功能,開始選擇宜指導RNA試劑。

 合成的crRNA合成單指導RNA(sgRNA)慢病毒sgRNA質粒(甘油原液)慢病毒sgRNA顆粒
使用前將1:1與tracrRNA組合?   
與Cas9 mRNA或蛋白質共電穿孔??  
與Cas9 mRNA或蛋白質共轉染??? 
創建穩定的細胞系
 
   ?
用抗性標記富集群體  ??
可用預先設計的功能敲除和特異性的驗證算法? ??
可從CRISPR設計工具處獲得 - 在線設計????

 

 

所有Edit-R預先設計的指導RNA(合成的crRNA和慢病毒sgRNA)都設計有經過驗證的算法,以提高功能性敲除的可能性,而不僅僅是雙鏈斷裂(DSB)。

單獨的位置不是CRISPR靶位點功能的指示

單獨的位置不是CRISPR靶位點功能的指示

沿著VCP基因的編碼序列的長度評估crRNA的功能性表明沒有特定的模式,因為它涉及外顯子位置,增強了設計算法表征功能特征的重要性。重組U2OS Ubi [G76V] -EGFP -Cas9細胞用266種不同的合成crRNA:tracrRNA復合物轉染,靶向VCP基因沿著基因編碼區的長度(使用DharmaFECT 4 Transfection Reagent,0.07μg/孔和50 nM合成crRNA) :tracrRNA終濃度)。72小時后,使用Envision讀板儀(Perkin Elmer)測量EGFP熒光。

具有來自Edit-R算法的高分數的crRNA具有比低評分設計更高的分裂效率

具有來自Edit-R算法的高分數的crRNA具有比低評分設計更高的分裂效率

對10個基因(藍色條)具有高功能評分的10個crRNA和對相同基因(黃色條)具有低功能評分的10個crRNA通過下一代測序進行編輯測試。93%的高評分crRNA和32%的低評分crRNA顯示> 40%的編輯(插入缺失)。用50nM crRNA:tracrRNA轉染Cas9-HEK293T細胞系,使用0.25μL/孔的DharmaFECT 1.轉染后72小時,裂解細胞并且每個處理的細胞產生跨越每個crRNA位點的Nextera轉座子適應的擴增子。樣品以及來自未轉染樣品的匹配對照擴增子。使用Nextera 96??孔索引試劑盒對樣品進行索引,并合并用于在MiSeq儀器上進行測序(成對的末端讀數,2×300長度)。通過NGS質量過濾標準的讀數與參考文件(Bowtie2 v2.1.0)對齊。計算完整讀數的百分比并將其標準化為對照未轉染的樣品(Samtools v0.1.12a); 數據顯示為已編輯的標準化百分比。

具有高算法的功能評分的crRNA在其他功能測定中也表現良好

高評分crRNA在ApoONE測定中表現出更強的表型

將具有整合的Cas9(在CAG啟動子下)的U2OS-蛋白酶體細胞以每孔10,000個細胞接種在96孔板中。鋪板后24小時,使用0.2μg/孔的DF4,用25nM crRNA:tracrRNA轉染細胞。使用ApoONE均相測定法(Promega)在轉染后48小時分析細胞的凋亡。顯示了在ApoONE測定中靶向BCL2L1,PLK1或WEE1的crRNA功能的箱形圖表示。為了產生箱形圖,基于它們的功能評分將crRNA分成下半部分(H1)和上半部分(H2)。中位數,下四分位數和上四分位數之間的數據分布以及小值和大值表明高得分的crRNA具有增加的功能。

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